Klokka seks om morgenen, den 10. januar 1945, ble Louis Hogganvik arrestert i sitt hjem av det tyske sikkerhetspolitiet. Under streng bevoktning ble han ført til Arkivet, Gestapos beryktede hovedkvarter i Kristiansand. Ni dager seinere tok Louis Hogganvik sitt eget liv ved å svelge biter av madrassen han sov på.

Gaute Heivoll kom ved en tilfeldighet over historien om Louis Hogganvik. Han begynte å undersøke den nærmere. Hva skjedde i løpet av de ni dagene på Arkivet? Hva var det som brakte Hogganvik inn i den dype fortvilelsen forut for selvmordet? Og hvordan gikk det med kona hans – Theodora – som satt igjen med så mange ubesvarte spørsmål? 

For å nærme seg gåtene omkring Louis Hogganviks endelikt, fletter romanen inn flere ulike fortellinger: den gripende kjærlighetshistorien om Louis og Theodora, Gaute Heivolls egen familiehistorie, og ikke minst, historien om Birgit, Louis' og Theodoras datter, som ikke har snakket om farens skjebne på over seksti år. 

Himmelarkivet handler om glemsel, om livets sårbarhet, og om skammen som gjør det så vanskelig å nærme seg tilværelsens smertefulle sider. Romanen løfter fram en tragisk menneskeskjebne, og viser at tiden dessverre ikke alltid makter å lege alle sår.